ユウは二ノ国のアーシャ姫を救いたい、そして、ハルは恋人のコトナを救いたい、でも救える命は１つという選択に迫られる（アーシャ姫とコトナの命が繋がっているため）。黒幕はヨキという王家につかえる錬金術師で、アーシャ姫の実の兄。化け物に変身したヨキを伝説の聖剣グラディオンで倒すと、２つの国を繋ぐゲートが閉じる。そして何故かアーシャ姫とコトナの命は両方助かる。ユウはアーシャ姫と二ノ国で、ハルとコトナは現実の世界で幸せに暮らすハッピーエンドになる。最後に、ユウは二ノ国の住人で、ハルのもうひとりの自分であることが判明する。